Zespół Szkół z Oddziałami Integracyjnymi im. Jana Pawła II w Siemiatyczach funkcjonuje od 01.09.1991r. Nadanie imienia szkole i poświęcenie sztandaru miało miejsce 13.05.1998r. w rocznicę zamachu na życie Ojca św.  W tym dniu  w hollu szkoły odsłonięto pamiątkową tablicę, na której widnieje  napis: W XIX Rocznicę Pontyfikatu Pierwszego z rodu Polaków Papieża, Szkole Podstawowej nr 3 w Siemiatyczach nadano imię Jana Pawła II. Siemiatycze A. D. 1998.

Od tej chwili do harmonogramu imprez i uroczystości szkolnych zostały wpisane na stałe następujące obchody rocznicowe: nadanie szkole imienia – 13 maja, Dzień Papieski – 16 października, Rocznica śmierci Jana Pawła II – 2 kwietnia.

Do ogólnoszkolnych działań wychowawczych na wszystkich poziomach edukacyjnych włączono odwoływanie się do nieprzemijających wartości i idei tkwiących w życiu  i działalności Ojca Świętego. Co roku bierzemy udział w pielgrzymce Rodziny Szkół na Jasną Górę. Dzieci i młodzież podejmują wyzwania w ogłaszanych przez naszą szkołę i inne placówki konkursach wiedzy, plastycznych, literackich, recytatorskich i sportowych.

Organizowane uroczystości odbywają się na terenie szkoły w formie apeli, akademii, wieczorów poezji, wystaw prac plastycznych. Niektóre z nich mają miejsce również w kościele parafialnym pw. św. Andrzeja Boboli. Społeczność szkolna uczestniczy w Mszach św. w intencji Patrona Szkoły połączonych niejednokrotnie z montażem słowno – muzycznym przygotowanym pod nadzorem nauczycieli katechetów, polonistów i muzyki. W szkole istnieje chór szkolny, który posiada bogaty repertuar pieśni poświęconych osobie Ojca Świętego. Są one prezentowane przy okazji różnych uroczystości szkolnych i na terenie miasta. Jest prowadzone Koło Patrona Szkoły. Ma ono na celu kształtowanie i utrwalanie postaw płynących z nauczania Jana Pawła II. Na terenie naszej placówki jest Izba Patrona, gdzie zgromadzone są pamiątki związane z Ojcem Świętym. Szkoła posiada sztandar, na którym widnieje między innymi papieski herb i słowa: „Zwyciężaj siebie” oraz swój hymn. Autorem słów jest ks. Mieczysław Rzepniewski.

Janie – Pawle, nasz Patronie

Twoja wielkość pomnikowa

Nie przeminie, nie zatonie

W akademiach, w pięknych słowach

Janie – Pawle, nie zagaśnie

Sława Twoja pośród nas,

Będzie święcić światłem jasnym

W salach szkolnych naszych klas.

Poza tym szkoła aktywnie uczestniczy w działaniach Ogólnopolskiej Rodziny Szkół im. Jana Pawła II oraz Podlaskiej Rodziny Szkół, biorąc udział w Zjazdach tych szkół oraz w organizowanych różnych konkursach. Bardzo ważnym osiągnięciem było zajęcie  przez uczniów naszej szkoły I miejsca w 1999r. i II miejsca w 2003 r. w Finałach Ogólnopolskiego Konkursu Wiedzy o Janie Pawle II. W 2008 roku uczeń naszego gimnazjum zajął I miejsce w półfinałach IV Konkursu Wiedzy (rejon podlaski) i będzie brał udział w finale w Mysłowicach.

Nasza szkoła była inicjatorem i organizatorem I Turnieju Wielozadaniowego Szkół im. Jana Pawła II powiatu siemiatyckiego, który odbył się 12.01.2009r. Głównym celem turnieju było utrwalanie w młodym pokoleniu pamięci o Ojcu Świętym i jego przesłaniu, rozwijanie talentów artystycznych oraz integracja dzieci i młodzieży szkół noszących to samo imię.

            Dzięki licznym działaniom szkoły uczniowie mają stały kontakt z nauką głoszoną przez Jana Pawła II, co z pewnością ma znaczący wpływ na ich przyszłe życie.