Szkoła Podstawowa nr 45 im. Jana Pawła II rozpoczęła działalność 1 września 1988 roku. Od początku istnienia jest kierowana przez dyrektora mgr Piotra Górskiego.

W roku szkolnym 1993/94 w szkole powstały klasy integracyjne. Przez cały czas istnienia szkoły o właściwy rozwój ucznia dba wysoko wykwalifikowana kadra, która oferuje różnorodną paletę zajęć specjalistycznych.

Szkoła, realizując swój program dydaktyczno-wychowawczy, ma na uwadze zarówno rozwój intelektualny uczniów zdolnych, jak i niepełnosprawnych. W przypadku uczniów uzdolnionych rozszerzony został zakres treści o charakterze twórczym.

W odniesieniu do dzieci niepełnosprawnych program jest modyfikowany i indywidualizowany, w zależności od zaburzeń. Praca wychowawcza szkoły oparta jest na realizacji Programu Wychowawczego pt. Inni a jednak tacy sami, stawia sobie za główny cel dostarczenie wiedzy o inności w odniesieniu do tradycji, różnic środowiskowych, kulturowych, etnicznych, wyznaniowych i rasowych, a także o różnorodności psychofizycznej. Program dydaktyczno-wychowawczy został wzbogacony przez wybór Jana Pawła II na patrona szkoły.

Uroczystość nadania szkole imienia Jana Pawła II miała miejsce 24 października 1998 roku. Nowy etap w życiu społeczności szkolnej zaznaczony został odsłonięciem pamiątkowej tablicy, na której widnieją słowa, skierowane przez Ojca Świętego do wszystkich: Abyście zdali sprawę z tej nadziei, która jest w was oraz otwarciem Izby Patrona.

Mając na względzie dobro dziecka, w 1999 roku utworzono Publiczne Gimnazjum nr 17 Integracyjne. Obie placówki od początku stanowiły nierozerwalną całość. Dlatego też, od 1 września 2002 roku placówki te funkcjonują jako Zespół Szkół Integracyjnych nr 1 im. Jana Pawła II w Białymstoku.

Dyrekcja i cała kadra pedagogiczna, uwzględniając dobro uczniów, cały czas mobilizują do działania swoich podopiecznych, dzięki temu dzieci i młodzież naszej szkoły osiągają bardzo wysokie wyniki w nauce oraz potrafią swoje wiadomości wykorzystać w praktyce.

Od trzech lat osiągamy najwyższe wyniki z egzaminu gimnazjalnego w Białymstoku. Zajęliśmy również I miejsce w miejskim współzawodnictwie sportowym Szkolnego Związku Sportowego.

Jesteśmy dumni z dużej liczby laureatów konkursów przedmiotowych, artystycznych, religijnych, sportowych, zarówno na szczeblu międzynarodowym, krajowym, jak również regionalnym itp. Rozbudowując horyzonty i zainteresowania uczniów, jesteśmy organizatorami wielu imprez i konkursów o zasięgu ogólnopolskim i regionalnym.

Szczycimy się od 2002 roku cyklem ogólnopolskich konkursów ph. Myśli Jana Pawła w naszych oczach, Miejskim Konkursem Recytatorskim Poezji Karola Wojtyły Nie lękaj się –zaufaj nadziei… oraz Miejskim Przeglądem Pieśni Patriotycznej ph. Nie rzucim ziemi skąd nasz ród….

Od 2000 r. jesteśmy organizatorami Nabożeństwa Drogi Krzyżowej oraz spotkań modlitewno-integracyjnych w Sanktuarium Maryjnym w Świętej Wodzie dla społeczności szkół im. Jana Pawła II.

Jesteśmy dumni, że współpracując z wieloma szkołami i instytucjami państwowymi i kościelnymi, możemy dbać o wszechstronny rozwoju młodego człowieka i odpowiedzieć na wezwanie Patrona naszej szkoły.